Αναλυτική Χημεία – Διασφάλιση Ποιότητας
Ανόργανη Χημεία και Εφαρμογές της στη Βιομηχανία
Επιστήμη Πολυμερών και Εφαρμογές της στη Βιομηχανία
Κατάλυση και Εφαρμογές της στη Βιομηχανία
Φυσικοχημεία
Χημεία Τροφίμων
Δι-ιδρυματικό Π.Μ.Σ Αμπελουργία – Οινολογία και Αλκοολούχα Ποτά
Δι-ιδρυματικό Π.Μ.Σ Διδακτική της Χημείας, Νέες Εκπαιδευτικές Τεχνολογίες και Εκπαίδευση για την Αειφόρο Ανάπτυξη (ΔιΧηΝΕΤ-ΕΑΑ)
Δι-ιδρυματικό Π.Μ.Σ Οργανική Σύνθεση και Εφαρμογές της στη Χημική Βιομηχανία
Το Τμήμα Χημείας συμμετέχει και στα ακόλουθα Διατμηματικά και Διιδρυματικά και Διακρατικά ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ ΣΠΟΥΔΩΝ, των οποίων δεν έχει την διοικητική ευθύνη.